ในปีพุทธศักราช 2530 ได้มีการจัดตั้งสำนักงานส่งเสริมการวิจัยและพัฒนาสมรรถภาพทางกายขึ้นเป็นหน่วยงานในสังกัดบัณฑิตวิทยาลัย โดยมีเป้าหมายให้เป็นวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬาในอนาคต เพื่อทำหน้าที่ในการส่งเสริม เผยแพร่ความรู้ และดำเนินการด้านการวิจัยและพัฒนาสมรรถภาพทางกายให้การกีฬาบรรลุเป้าหมายอย่างสมบูรณ์ จากนั้นจึงได้ริเริ่มที่จะสร้างอาคารศูนย์วิทยาศาสตร์การกีฬาและสระว่ายน้ำขึ้น ภายในมหาวิทยาลัยมหิดล ณ ศาลายา ผลิตผู้นำทางด้านการศึกษาวิจัยและบุคลากรในสาขาวิทยาศาสตร์การกีฬาเพื่อสนองตอบนโยบายของชาติ และตามมติคณะรัฐมนตรีที่ให้มีการสนับสนุนกีฬาของชาติในทุกๆ ด้าน โดยให้ถือเป็นนโยบายในทางปฏิบัติของทางราชการ และให้หน่วยงานต่างๆของรัฐ ส่งเสริมข้าราชการ พนักงาน ได้มีการเล่นกีฬาอย่างแพร่หลาย นอกจากนี้ยังให้ความร่วมมือกับการกีฬาแห่งประเทศไทย,คณะกรรมการกีฬาแห่งประเทศไทยและคณะกรรมการโอลิมปิคแห่งประเทศไทยในการเตรียมตัวนักกีฬาระดับชาติ เพื่อการแข่งขันกีฬาซีเกมส์ กีฬาเอเชียนเกมส์และกีฬาโอลิมปิค ในการนี้ควรจัดให้มีศูนย์กีฬาตามชุมชนต่างๆ เพื่อให้ประชาชนได้มีสถานที่เล่นกีฬา มหาวิทยาลัยมหิดลมีที่ตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกของกรุงเทพมหานคร ท่ามกลางชุมชนขนาดใหญ่และมีความพร้อมในด้านต่างๆ จึงสมควรให้พัฒนาเป็นศูนย์กีฬาของชุมชนในพื้นที่นี้ด้วย
และในปีพุทธศักราช 2530 เช่นเดียวกันได้เสนอขออนุมัติจัดตั้งโรงเรียนกีฬาเวชศาสตร์ขึ้นเป็นหน่วยงานภายในสังกัดภาควิชาศัลยศาสตร์ออร์โธปิดิคส์และกายภาพบำบัด คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เพื่อจัดการจัดการเรียนการสอนระดับปริญญาตรี (ต่อเนื่อง) ผลรวมแนวคิดนี้จึงได้เกิดหน่วยงานใหม่เพื่อเป็นแกนหลักประสานให้บรรลุผลนั่นคือ โครงการจัดตั้งวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา เพื่อรองรับการดำเนินงานให้เป็นวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬาต่อไปในฐานะที่มหาวิทยาลัยมหิดลมีความพร้อมในทุกด้าน กล่าวคือ จากการวางแผนอย่างไตร่ตรอง การวางรากฐานที่มั่นคง ความวิริยะอุตสาหะ มุ่งมั่น การร่วมคิดร่วมสร้าง จึงปรากฎภาพที่เป็นรูปเป็นร่างเด่นชัดขึ้นทุกที จนบรรลุเป้าหมายตามวัตถุประสงค์ ในปีพุทธศักราช 2537
ในปีพุทธศักราช 2539 โครงการจัดตั้งวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งเป็นวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา มีฐานะเทียบเท่าคณะในมหาวิทยาลัยมหิดล เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม 2539 และได้รับโอนโรงเรียนกีฬาเวชศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เข้ามาไว้ในหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต ยกร่างหลักสูตรระดับปริญญาโท และขยายต่อไปยังระดับปริญญาเอกเพื่อให้เป็นศูนย์กลางการจัดการเรียนการสอน และการวิจัยในสาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา
อาคารศูนย์วิทยาศาสตร์การกีฬาและสระว่ายน้ำแห่งนี้ ได้รับพระบรมราชานุญาติให้เข้าเป็นหนึ่งในโครงการเฉลิมพระเกียรติของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช เนื่องในวโรกาสเฉลิมฉลองรัชมังคลาภิเษก พระชนมพรรษา 5 รอบ เมื่อปีพุทธศักราช 2531 และนับเป็นพระมหากรุณาธิคุณ โปรดเกล้าพระราชทานชื่ออาคารนี้ว่า "สิริมงคล" เมื่อปีพุทธศักราช 2539 หลังจากโครงการจัดตั้งวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬาได้รับอนุมัติให้ยกฐานะเป็นวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬาเรียบร้อยแล้วได้มีประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 113 ตอนที่ 25ก เมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม พุทธศักราช 2539 ให้ตั้งวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬาเป็นส่วนราชการหนึ่งในมหาวิทยาลัยมหิดล โดยให้มีฐานะเทียบเท่าคณะ ตั้งแต่วันที่ 6 กรกฎาคม พุทธศักราช 2539 การดำเนินการก่อสร้างอาคารศูนย์วิทยาศาสตร์การกีฬา ได้แล้วเสร็จเมื่อปีพุทธศักราช 2538 และได้รับพระบรมราชานุญาติให้เข้าเป็นหนึ่งในโครงการพระเกียรติของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช เนื่องในวโรกาส เฉลิมฉลองรัชมังคลาภิเษก พระชนมพรรษา 5 รอบและนับเป็นพระมหากรุณาธิคุณโปรดเกล้าพระราชทานชื่ออาคารนี้ว่า "สิริมงคล"
ในปีพุทธศักราช 2538 โครงการจัดตั้งวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬาได้รับอนุมัติผ่านสภามหาวิทยาลัยให้เป็นวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬาได้เปิดหลักสูตรปริญญาตรีวิทยาศาสตรบัณฑิต หลักสูตรปริญญาโทวิทยาศาสตรมหาบัณฑิตสาขาวิทยาศาสตร์การกีฬา และมีโครงการจะเปิดหลักสูตรถึงระดับปริญญาเอกในอนาคตและเพื่อให้เป็นศูนย์กลางการจัดการเรียนการสอน ตลอดจนเป็นแหล่งวิจัยมุ่งเป้าสู่ความเป็นเลิศ ทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬาและให้เป็นศูนย์บริการกีฬาเพื่อสุขภาพแก่ประชาชนทั่วไป
พุทธศักราช 2541 มหาวิทยาลัยมหิดลได้รับเกียรติให้เป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันกีฬามหาวิทยาลัยแห่งประเทศไทย ครั้งที่ 25 และได้ใช้อาคารศูนย์วิทยาศาสตร์การกีฬาและสระว่ายน้ำ "สิริมงคล" เป็นสถานที่จัดพิธีเปิดการแข่งขันกีฬา
พุทธศักราช 2548 มหาวิทยาลัยมหิดลได้เลือกอาคารศูนย์วิทยาศาสตร์การกีฬาและสระว่ายน้ำ "สิริมงคล" เป็นศูนย์อำนวยการศูนย์สื่อมวลชน และเป็นสถานที่จัดประชุมวิชาการแข่งขันกีฬามหาวิทยาลัยแห่งประเทศไทยครั้งที่ 33
เนื่องในโอกาสที่มหาวิทยาลัยมหิดลได้รับเกียรติให้เป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันกีฬามหาวิทยาลัยแห่งประเทศไทยอีกครั้งหนึ่ง ในการนี้มหาวิทยาลัยมหิดลได้กราบทูลเชิญพระเจ้าหลานเธอพระองค์เจ้าสิริวัณณวรีนารีรัตน์เสด็จทรงเปิดการประชุมวิชาการการแข่งขันกีฬามหาวิทยาลัยแห่งประเทศไทย ครั้งที่ 33 ในวันจันทร์ที่ 19 ธันวาคม 2548 เวลา 09.00 น. ณ วิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา
